Francisco Javier Fernández Conde es doctor en historia de la Iglesia por la Universidad Gregoriana de Roma y doctor en historia por la Universidad de Oviedo, donde cumple funciones de docente como catedrático de geografía e historia en el Departamento de Historia. Como consecuencia de su primera formación, la historia eclesiástica y la paleografía y diplomática, ha trabajado temáticas relacionadas con estas disciplinas, en estudios sobre documentación, cultura y religiosidad. Desde 1985 amplía el ámbito de sus investigaciones, utilizando dos nuevas fuentes, las arqueológicas y las etnográficas, de ahí que varias de sus producciones científicas posteriores tengan que ver con estudios del territorio y con síntesis generales de historia social.
Entre sus numerosas publicaciones, destacan El Libro de los testamentos de la catedral de Oviedo (Roma, 1971); Gutierre de Toledo, obispo de Oviedo (1377–1389) (Oviedo, 1978); la coordinación y redacción parcial de la Historia de la Iglesia en España, II/1–2, (Madrid: bac, 1982); la edición de documentación inédita del monasterio de San Pelayo, con I. Torrente y G. de la Noval (4 vols., Oviedo, 1978–1990); El señorío del cabildo ovetense. Estructuras agrarias de Asturias en el tardo Medioevo (Oviedo, 1993); La religiosidad medieval en España. Alta Edad Media (siglos VII‑X) (Oviedo, 2000; 2.ª ed.,2008); La religiosidad medieval en España. Plena Edad Media (siglos XI-XIII) (Trea, 2005); La religiosidad medieval en España. Baja Edad Media (siglos XIV-XV) (Trea, 2011); La España de los siglos XIII al XV. Transformaciones del feudalismo tardío (San Sebastián: Nerea, 2004); Prisciliano y el priscilianismo. Historiografía y realidad (Trea, 2007), El monasterio de la Asunción de Santa María. Veinticinco años de historia (1983–2008). Monjas benedictinas (Santiago de Chile, 2011), Historia de Candamu. Orígenes-1500 (Trea, 2014), Estudios sobre la monarquía asturiana (Trea, 2015); Los reyes de Asturias y los orígenes del culto a la tumba del apóstol, Santiago, eds. F. J. Fernández Conde‑R. Alonso Álvarez (Trea, 2017) y Pelayo de Oviedo. Edición crítica de la Chronica y su pensamiento político (Trea, 2020). Con J. M. Mínguez Fernández y E. Portela Silva, El reino de Hispania (siglos VIII-XII). Teoría y prácticas del poder (Akal, 2019).
